Depuis 2017, l’APPCB anime un groupe de travail composé des présidents des 8 baies algues vertes, des présidents de CLE associés, et des animateurs des contrats de territoires des baies algues vertes. Ce groupe de travail a pour but de mutualiser les connaissances et les informations sur les différentes baies, partager les enjeux et favoriser l’échange d’expériences. Un groupe politique est également été crée, afin que les différents élus des territoires des baies algues vertes puissent échanger et préparer les réunions régionales.
En 2022, l’APPCB a décidé d’étendre ce groupe de travail aux autres territoires impactés de façon plus large par l’eutrophisation, ceci incluant notamment les algues vertes sur vasières.